河州之战以马占鳌率*集体投诚告一段落。
同治十三年，闵殿臣再次发起叛乱，被沈玉遂迅速平定，闵殿臣被马占鳌炮决于河州。
这是河湟第三次叛乱的最终结局。
马占鳌之后一直征战于关陇战场，镇压昔日袍泽，诱杀西宁马本源，马桂源，炮决河州闵殿臣。
因其累建功勋，官至提督衔总兵，赐号"勒尔津巴图鲁"
年2月21日，56岁的马占鳌病逝于积石山大河家别墅，诰授"建威将*"。
善后
河州平定后，按照惯例，下一步就是善后事宜。
朝廷的处理意见很快就下来了：记名提督甘肃凉州镇总兵傅先宗，冲锋冒险，中炮身亡。
记名提督广东高州镇总兵徐文秀赴援苦战，力顾大局，中矛殒命。
均请饬部照提督阵亡条例议恤，并于死事地方建立专祠。
同时殉难的总兵郑守南，李其详，杨文林，刘笃志，副将卢才华，王福昌，参将吴名胜，游击陈东海，都司李湘南，张有才，舒有贵义不独生，被害最烈，应请饬部各照所保官阶，从优议恤，并附祀徐文秀专祠，以妥忠*。
唯当时临难苟免各员，傅先宗所部之副将田大胜，参将李天禧，都司徐正华，千总张承前，文志懿，熊得胜，当徐文秀力援苦战时，弃营先遁，致徐文秀势孤力竭，与壮士百四十余名同时战殁，核其情节，实无可宽，应请旨正法*前，以昭炯戒。
记名提督河州镇总兵王德胜，补用总兵朱广运，记名提督彭忠国不能严督所部，极力堵截，庸懦无能，应请旨革职留营，以观后效。
据提督杨世俊禀，所部总兵周道钦，游击王勇，*功韩禄于移营高家集之先，弃营潜逃，已严拿正法。
杨世俊所部营垒距贼营仅里许，粮路隔绝，傅先宗阵亡后，势难久驻，其退扎尚有可原，唯当徐文秀血战捐躯，时未能迅速援剿，咎有应得，念其平时打仗勤奋，应请革职去勇号，褫去*马褂，降为参将，留营带队，以观后效。
太子寺之战，事后追责惩处的中高级官员，9人被斩首，杨世俊见死不救，也被褫夺*马褂，降为参将。
从来投诚办抚，第一位的都是编户齐民，迁徙当地土著，安插客户为要。
河州地区逼仄，全境仅仅五六百里，人口组成也是不成比例，除了回汉各族人民外，还间杂着藏，撒拉等族人民。
自同治元年关陇变故以来，陕西的同胞大都进入河州避难，而那些参与其中的武装人员及其家属在董志塬，金积堡战败后，也大都进入河州避难，白彦虎也将家眷移入河州。
在河州当地，本地的居民也有很多在迫不得已的情况下，同流合污，加入当地反叛武装。
还有一部分人，不肯顺从，逃往岷州，狄道，洮州等地官府，成为抵抗反叛力量的主力。
朝廷命潘效苏为河州知州，沈玉遂带领所部后路五营，驻扎河州镇，米联壁为河州州判驻扎太子寺。
这里重点介绍一下潘效苏，潘效苏是左宗棠的嫡系班底，他的官场崛起是左宗棠一手提拔，引荐。
潘效苏(-），原名潘德音，字重贤，号少泉，后改名效苏，湖南湘乡人。
咸丰十一年(年），23岁的潘效苏投效*营。
同治二年(）八月，潘效苏因参加了收复杭州等城池的战斗，作战勇敢，经左宗棠保奏以县丞留于浙江。
此后，潘效苏跟随部队支援福建的剿匪作战，陆续收复了漳州的各府厅州县城池，福建全省的剿匪结束以后，部队犒赏三*，经左宗棠保奏，潘效苏免补本班，以通判改留福建，优先补用。
但不久，潘效苏所在部队又转战广东，先后收复了广东镇平等城市，再次经左宗棠保奏奉旨赏加同知衔。
同治七年(年），潘效苏随西征*赴直隶地区围剿捻*起义，战功卓著，又经左宗棠保奏，以同知衔改留陕西补用。
同治八年(年）五月，潘效苏署理肤施(今延安市)澄县等县的知县。
此后，潘效苏的母亲去世，其回乡丁忧一年，丧期服满后，他赶赴甘肃，管理恪靖中营，兼带左路、左后等营。
同治十年(年），潘效苏调署狄道州(今甘肃临洮县）知州。
同治十一年(年）其调河州知州。
潘效苏自光绪九年(年)被刘锦棠调来新疆，旋补迪化直隶州知州。
历任和阗直隶州知州、伊犁府知府、镇迪道尹兼按察使、新疆布*使，光绪二十八年()，又升任新疆巡抚，一直到光绪三十一年()被发往*台效力。
潘效苏在西北任官有30年之久，对西北边防事业的发展做出了卓越的贡献，尤其是他在新疆巡抚任上的4年间，所实施的一系列*治、经济、*事、文化措施对巩固新强边防，发展新疆经济都起到了积极作用。
所以这个人也是新疆的功臣之一。
他在同治十一年就任署河州知州，第一件事就是编户齐民，区别安置河州本地与外地的民众，最大限度地不使他们成为反叛的潜在势力。
甄别
对于所有参与叛乱的人员进行甄别，有外来和平迁入的，有受到恶势力胁迫的，有被迫成为恶势力协同的，对于以上各种分别甄别清楚后，按照个人籍贯，发放银两路费，分批护送原籍。
安插
对于无法回到原籍，或者不想回去的
也按照族群属性各自安插，令其各安其业，休养生息。
对于不同民族，分别安插，han民都安置在狄道金县，安定，会宁一带，安置地点接近城镇。
对于其他人等，由于其情况复杂，既不能安插在城镇附近，也不能安插在近处，更不能将他们安插在一处。
从前安置金积堡难民大多在化平厅，平凉，大岔沟及北原各处，这些地方的人口已经达到一万余人，当地土地无法继续承载。
况且这些河州需要安置的前武装人员，有来自陕西，有来自甘肃，曾经都是一个战壕的战友，合力对抗朝廷，抗击官*。
现在化*为民，心里自然不服，随时都可能再次反叛，对于他们的安置，潘效苏与左宗棠充分交换意见后，决定采取分散安置，涣散其群体，打乱其人员，孤立其势头。
在安定，会宁，隆德，平凉，静宁等地，选择水草丰沛，地方偏僻，无主之地，而且在地理上可以各自隔绝者，进行安置。
将来自陕西的安置在平凉谢家庄，陶家庄，张家庄，曹家庄。
会宁的安置在姚王家，曲家口。
静宁隆德的王家下堡，刘戴家山。
安定的刘家沟，石家坪，好地掌等处。
迁移甘肃的投诚武装分子在安定的刘家沟。
一些想要离开河州的han民被安置在安定的青岚山，新套河，夏家营坊。
对于那些已经在战乱中逃走的人，官府在编户之后，给予赈积粮，成人每日八两，未成年人每日五两，能够耕种者，给予粮食，蔬菜种子，农耕用具也由官府提供。
上述安置人员就位后，按照十户，百户进行管理，在与官府合作的人中其中选拔十户长，官府派驻百户长进行管理。
任何人想要出门或外出办事，必须经过十户长出具路引，凭条，经百户长署准后，方可出入。
威慑
河州战乱之后，仅剩空城一座，境内人民离散，建筑毁弃，潘效苏的河州领导班子在河州关厢找了一个简陋的寺院，充作河州的临时管理机构。
沈玉遂带兵进入河州，也找不到一个完整的场所，只能将五营扎帐于城中。
左宗棠在沈玉遂，潘效苏进入河州之后，下令以下各部分别进入河州驻扎。
果*四营驻扎城关外宁河一带；
张仲春所部宗岳六营驻扎太子寺一带；
提督陈广发，总兵凌春台辅字，良字营驻扎三甲集；
提督王衍庆所部左路五营及镇西忠营两营，驻扎康家崖；
总兵张福齐所部六营，从沙泥站开始北由阿干镇到兰州，南出沙仑链接康家崖。
王德榜所部仍驻狄道。
近三十个营的兵力驻扎在河州。
河州最大的软肋在循化，此地自古各族杂处，民风强悍，这里就是曾经盛极一时的吐谷浑的故地，在河州与官*屡次战事中，当地都积极出动援*支持马占鳌。
左宗棠令马占鳌带兵进入循化平定当地武装力量。
他先后擒获杨继芳，马彦漋，马笼子，与当地官员一起清厘地产，编审保甲，分别设立门牌，安置驿站，修葺被毁坏的城墙。
雷正绾也在盐茶厅与杨馥廷擒获虎满喇，在中卫长流水擒获黑卯廖，马二利木等残余武装分子头领。
杨世俊也戴罪立功，在阶州与田考连，杨隆昌三路夹击，在佛崖，秀山，白家关，碧玉河，包家山分别击毙，擒获顽固分子马麦成，刘三，马麻尔等五名大头领。
在同治十一年二月中旬，雷正绾将其中最为顽固的马成荣和死*二十余人全部擒获，并在*中正法。
甘南地区反叛头领苏舍利夫，马姑九也率领部下两百多人向杨世俊投诚，随后被潘效苏分别安插各处。
清水最大的一股邓大有率三百人逃到阶州，被埋伏在此的当地团勇聚歼。邓大有当场战死。
在太子寺战役结束后，拒不投降的海珍，李万海在王家堡被总兵马有才，苏家良生擒，押解到兰州后斩首示众。
至此河州及其周边地区残存的大股武装力量均被肃清。