如同其他不少姓氏一样，余氏也是有不同的来源。
其一，来源于姒姓，大禹娶了涂山氏之女，禹有三子，长子启，继位酋长；次子宰，封于褒国；三子罕，封于涂山，即余度，其后代以余为氏，而涂山氏后裔，以涂为氏。
大禹治水其二，来源于姬姓，是春秋时期之秦国上卿由余的后裔。
西周末期，王子宜咎，杀其父周幽王，谋朝篡位，是为周平王，周幽王之弟余臣，则被一些老牌诸侯拥立，是为周携王，据关中东部大荔王城，与周平王对峙二十年。
周平王给出*策，谁拥护他，就可以自行扩张，吞并他国，于是，急功近利的郑国、晋国、秦国，纷纷拥护周平王，当时晋国，地跨*河两岸，于是晋文侯出兵，趁周携王不备，进行偷袭，将其击杀。周平王大喜，撰写《文侯之命》，大加褒奖，晋文侯遂得以在运城盆地、临汾盆地大肆扩张，晋国由一个中等国家，渐渐发展为大国。
余臣最早的封地莫国，在今河北省沧州市任丘县一带，余臣前往关中即位，一部分后裔留在莫国，后来以莫为氏，众皆不敢提莫国，留下成语“讳莫如深”；而周携王在关中大荔王城二十年，又有了新的后代，他被杀后，他在关中的后代，则逃到了西戎的绵诸戎，以避周平王的迫害。
绵诸戎为西戎诸国之一，位于陇西，今甘肃省天水市一带。
当时，陇西的戎族包括昆戎、绵诸等等，泾北的戎族包括义渠、乌氏、朐衍之戎，而关中东部的戎族则有大荔之戎，陆浑之戎，这些都是西戎，此外，关中还有犬戎、骊戎等。各种戎人，生产落后，披发衣皮，各有君长，不相统一。他们常常突袭秦国边地，抢掠粮食、牲畜，掳夺子女，给秦人造成很大的苦难。
周携王的后裔由余，在绵诸戎国做了大夫，后来，奉命出使秦国，秦穆公见由余德才兼备，决心让他留在秦国，为秦国出力，对付西戎。于是，秦穆公使计，他隆重接待由余，向他展示秦国壮丽的宫室和丰裕的积储，又向他了解西戎的地形、兵势，挽留由余在秦滞留，同时，秦穆公给绵诸王送去女乐十余人。美妙的舞蹈，使戎王沉迷，他终日饮酒，抱着女乐们寻欢作乐，不理*事，国内出现灾害，大批牛马病亡，他根本无心过问，绵诸国内*事一塌糊涂，秦穆公这才让由余回国。
由余由余见国事烂得一塌糊涂，大为吃惊，急忙劝谏戎王，戎王不但拒绝，还觉得由余讨厌，想除掉他，于是，在秦人的规劝下，由余终于归向秦国。秦穆公大喜，拜为上卿，和他讨论吞并西戎的策略。
在由余的谋划下，穆公三十七年，亦即前年，秦*出征西戎，将西戎各国各个击破，连续吞并绵诸等西戎十二国，由此，秦国向西扩张，拓地千里，西达狄道，即今甘肃省定西市临洮县一带，秦穆公成为西方霸主，亦即半个霸主，虽然比不上晋文公，但也独霸西方了。周襄王派遣召公过，带了金鼓送给秦穆公，以示祝贺。
治国方面，由余提出“仁治”，详见《史记·秦本纪》。由余去世后，秦国罢朝三日，为由余造墓三处，由余的后代子孙，一部分称余氏，一部分称由氏。由、余二氏同宗同源，史称余氏正宗。
余氏世居歙州，即今安徽省*山市歙县，是当地大族。
春秋时期，余氏最早的发祥地在今陕西省宝鸡市凤翔县一带，秦汉时期及以后，余氏族人东迁，一支迁入陕州，即今河南省三门峡市陕县一带；一支迁居江南，主要繁衍于今安徽一带。
其三，来源于春秋时期齐鲁的余丘氏，简称为余氏。
其四，来源于秦岭古道褒斜道，李白在著名的《蜀道难》中对褒余栈道有明确的描述。世代居于褒余栈道沿途之民众工匠、驿站官吏、商家栈伙等，皆有以褒斜道地名为姓氏者，称褒余氏、褒斜氏，后省文简化为单姓褒氏、斜氏、余氏。这个余氏与其他余氏不同，是斜的简写，发音与斜相同。
秦岭